Calakmul nằm ở bang Campeche, phía đông nam Mexico, cách biên giới với Guatemala khoảng 35 km (22 dặm) về phía bắc. Nó nằm cách những tàn tích của El Mirador 38 km (24 dặm) về phía Bắc [2] và cách di tích El Tintal khoảng 68 km (42 dặm) về phía tây nam thành phố.[3] Calakmul cũng cách 20 km (12 dặm) về phía nam của thành phố hiện đại Oxpemul và khoảng 25 km (16 dặm) về phía tây nam La Muñeca.[4] Thành phố này nằm trên khu vực có độ cao khoảng 35 mét (115 ft) là một đầm lầy lớn theo mùa nằm ở phía Tây được gọi là El Laberinto bajo (tiếng Tây Ban Nha được sử dụng để chỉ một vùng đầm lầy trũng theo mùa) [5] Đầm lầy này có chiều dài khoảng 34 km và rộng 8 km, là một nguồn nước quan trọng trọng mùa mưa. Thành phố này nằm trên một doi đất hình thành tự nhiên cao 35 mét (115 ft) có dạng vòm đá vôi so với các vùng đất thấp xung quanh. Mái vòm này đã được những người Maya san phẳng hơn.

Vào đầu thế kỷ 21, khu vực xung quanh Calakmul vẫn được bao phủ bởi những khu rừng rậm.[6] Trong thiên niên kỷ thứ 1, khu vực có lượng mưa vừa phải và thường xuyên, mặc dù lượng nước tích trữ ở đây là ít hơn so với các khu vực phía nam ở Guatemala. Calakumul ngày nay nằm trong khu dự trữ sinh quyển Calakmul có diện tích lên tới 1.800.000 mẫu Anh (7.300 km 2).